如果因为维修店维修操作不当导致了变速器损坏，那么维修店应当承担相关责任，即免费为用户修复变速器，在修复变速器时所有需用到的耗材包括变速器油，都应当由维修店承担。对于离合器质量问题的三包维修措施，汽车三包规定中并未强制要求必须更换离合器总成，维修站和主机厂可以根据故障情况确定一个比较合理的维修方案，但通常情况下如果两次维修都没有解决问题，一般都会更换离合器总成，否则对于厂家和维修站的风险也是很大的。无论如何，维修站在明知车辆存在质量问题的情况下都不应当不予维修或不予理睬，应当以合理的理由说服车主尽快进行质保维修，以确保车辆安全行驶，并防止故障进一步扩大。建议您与维修站和主机厂好好沟通，如果通过友好协商的方式解决不了，可以向当地消协或者质监部门投诉，请他们出面进行调解。如果调解依然解决不了问题，建议您向当地法院诉讼，用法律武器维护自己的合法权益，为此，还建议您注意收集对自己有利的证据材料，包括维修记录单以及相关的录音录像材料、零部件等。